Lorsque les gamers aident la recherche contre le virus MPMV

Article co-ecrit par Kokiri et DonFerdie (rendons à Cesar comme on dit).

 

Qui a dit que le gaming on-line ne servait à rien ?

Pas plus tard qu’hier, l’AFP (Agence France-Presse) a annoncé qu’une communauté de joueurs on-line avait réussi à résoudre en trois semaines un véritable casse-tête qui tenait en échec des scientifiques depuis plus de dix ans: le décodage de la structure d’une enzyme du rétrovirus de singe MPMV (Mason-Pfizer Monkey Virus). Fingeur in ze noze !

Cette découverte, publiée le 18 septembre dans Nature Structural & Molecular Biology (références en bas d’article), fait d’ailleurs honneur aux joueurs qui ont participé en les citant comme co-auteurs de la publication. Si ça c’est pas la classe, ce ne sont même pas des chercheurs et ils ont déjà une publi ! De quoi faire crier de rage plus d’un post-doc.

D’un point de vue pratique, les joueurs ont ainsi participé à l’étude en jouant à Foldit, un jeu vidéo téléchargeable via le net (le lien), et développé en 2008 en collaboration entre le Département de Sciences Informatiques et d’Ingénierie et le Baker Laboratory de l’Université de Washington (Etats-Unis), à l’initiative des programmes de recherche du Washington Center for Game Science.

L’interface du jeu, simpliste au possible, propose de résoudre des puzzles qui ne sont autre que les structures d’emboitement de différentes protéines. Le but peut paraître simple pour un être humain, mais pour un ordinateur, il est encore très compliqué de déterminer comment une molécule se replie de façon optimale dans l’espace tridimensionnel.

Interface du jeu Foldit. Copyright UW Department of Computer Science and Engineering

 

Mais quelle est l’importance de la structure 3D d’une protéine ?

Afin de comprendre exactement comment fonctionne une protéine, il est nécessaire de connaître sa forme et ses propriétés chimiques, qui vont guider ses interactions avec d’autres protéines. Un peu comme une clé doit être parfaitement taillée pour rentrer dans une serrure… Vous comprenez l’idée générale (general idea ! désolé, réflexe…) ?

Dans le cas évoqué ici, l’enzyme dont les joueurs recherchaient la structure est la protéase du virus du MPMV (et non pas du virus du SIDA, comme on a pu le  lire partout !). Cette protéine permet la maturation du virus : au départ, le virus produit ses protéines en un seul et même bloc, s’assemble, et sort de la cellule. Après sa sortie, la protéase va découper le bloc de protéines virales en sous-unités, qui vont se ré-arranger pour permettre au virus d’être pleinement infectieux.

En trouvant la structure 3D, il serait donc possible de synthétiser une molécule inhibitrice qui pourrait s’y accrocher et ainsi empêcher la prolifération virale. Contrairement à ce que beaucoup de médias ont pu l’écrire (#fail !), il est par contre légèrement faux de relier directement cette découverte au virus du SIDA. En effet, cette dernière a été cristallisée depuis des années (le premier article date de 1989 !) et il existe déjà de nombreux inhibiteurs, tels que le ritonavir.

 

Gaming + Science, un combo gagnant qui à un bel avenir devant lui ?

Cette expérience démontre parfaitement que les nouvelles technologies, comme les jeux vidéo, peuvent amener de nouvelles opportunités de découvertes pour la Science. « Réussir à trouver la structure de l’enzyme du virus, indique la puissance des jeux en ligne pour canaliser l’intuition humaine et réunir des compétences pour résoudre des problèmes scientifiques » confirme Seth Cooper, un des chercheurs ayant créé le jeu Foldit. Pour continuer sur le même sujet, je vous invite à lire le billet écrit par Denis van Waerebeke (encore lui !), mettant en parallèle le cloud computing et le cloud thinking.

Peut-être est-ce le début d’une très longue coopération entre le gaming et la science. En tout cas ici à Scientigeek on a hâte de voir arriver cela !

 

Sources: Le Point, merci à Antoine Blanchard (@Enroweb) pour le heads up !

 

Références:

Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players, (téléchargement)

Firas KhatibFrank DiMaioSeth CooperMaciej KazmierczykMiroslaw GilskiSzymon KrzywdaHelena ZabranskaIva PichovaJames ThompsonZoran PopovićMariusz JaskolskiDavid Baker

Nature Structural & Molecular Biology (2011) doi:10.1038/nsmb.2119; Received 27 May 2011; Accepted 08 July 2011; Published online 18 September 2011.

 

Comments
3 Responses to “Lorsque les gamers aident la recherche contre le virus MPMV”
  1. Bruno Fant dit :

    Merde tu m’as grillé sur celui-là.

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  1. [...] la L’idée est de s’appuyer sur le serious gaming, et sur l’exemple du fracassant Fold It, pour créer un cercle vertueux où les étudiants font jouer le public, qui génère des données [...]



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